「Can I 〜?(〜することはできますか?)」は頻繁に使用される相手に許可を求める言い方です。
Can I make a reservation?(予約できますか?)
Can I pay in Japanese yen?(日本円で払えますか?)
一方で「Can I have 〜?」となる場合は「〜をお願いします」という意味になり、カフェやカジュアルな雰囲気のレストランでの注文はこれでOKです。
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「Can I 〜?」の使い方